Die Mitgliederversammlung, die sich aus allen unseren Mitgliedern zusammensetzt, ist das oberste Organ von AIS. Der Vorstand ist verantwortlich für die strategisch Leitung des Verbands und vertritt AIS nach aussen. Für die Umsetzung auf operativer Ebene ist die Geschäftsstelle zuständig. Die Delegiertenversammlungen, in der Vertreter:innen aller 10 Regionalvertretungen von Arbeitsintegration Schweiz zusammenkommen, bilden eine Plattform für den Austausch und Wissenstransfer zwischen den Regionen und dem Dachverband. Zu diesen Organen kommen die Fachkommissionen von Arbeitsintegration Schweiz hinzu, die es den Mitgliedern ermöglichen, ein Netzwerk von Expert:innen in einem spezifischen Themenbereich zu bilden, um den Austausch von Erfahrungen und Best Practices zu ermöglichen.