L’Assemblée générale, composée de tous nos membres, est l’organe suprême d’AIS. Le Comité exécutif gère de manière stratégique les affaires de l’association et représente AIS vers l’extérieur. Le Secrétariat général a la charge de la gestion opérationnelle de l’association. Rassemblant tous les représentant∙e∙s des 10 représentations régionales d’Insertion Suisse, l’Assemblée des Délégué∙e∙s constituent une plateforme d’échange et de transfert de savoir entre les régions et l’association faîtière. À ces organes s’ajoutent les Commissions spécialisées d’Insertion Suisse qui permettent aux membres de se constituer en réseau d’expert∙e∙s dans une thématique spécifique afin de permettre un échange d’expériences et de bonnes pratiques.